概念

密度泛函

软件

VASP(Vienna Ab - initio Simulation Package)

安装开始前，切换到root，检查pwd是否为root的工作路径。

系统选择

CentOS7 安装正常
CentOS7 & CentOS8 实体机安装失败，7：不能GUI下安装；8：循环接收license，进不去系统。
Deepin 15.11 & Deepin 20beta 编译阶段失败

Ubuntu 20

Intel parallel studio XE

安装c++等必要组件，sudo apt install build-essential

解压压缩包，执行./install_GUI.sh，Key：S477-2V7GNJ9G，选择必要的组件进行安装。
默认路径/opt/intel。

安装完毕，添加环境变量。~/.bashrc，source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh，重新打开terminal，输入ifort -v测试是否成功。
进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf，运行make libintel64。成功后，会产生libfftw3xf_intel.a库文件。

VASP

解压压缩包，最好解压在root目录下。复制arch/makefile.include.linux_intel 到根目录并改名makefile.include，修改makefile.include中OFLAG=-xhost修改成OFLAG=-xhost。
使用patch -p0 < patch.5.4.4.16052018进行补丁修复。
在根目录执行 make all。编译完成后，vasp/bin目录下会出现vasp_gam,vasp_ncl,vasp_std，分别是Gamma only版，非共线版和标准版。讲vasp_std改名为vasp。
在~/.bashrc中添加：export PATH=$PATH:/root/vasp.5.4.4/bin

测试

LAMMPS

$$ \Delta_{30} = \cfrac{\frac{^{15}\mathrm{N} \kern{0.1em} ^{15}\mathrm{N}}{^{14}\mathrm{N} \kern{0.1em} ^{14}\mathrm{N}}}{ \left( \frac{^{15}\mathrm{N} }{^{14}\mathrm{N}} \right) ^2 } - 1 $$

$$ \delta ^{15} \mathrm N = \cfrac{ \frac{^{15}\mathrm{N} }{^{14}\mathrm{N}} }{ \quad \left( \frac{^{15}\mathrm{N} }{^{14}\mathrm{N}} \right) _{air} } - 1 $$

结晶学

英文对照